بدأ العمل في مشروع إنشاء مكتبة الشيخ عيسى الوطنية في أكتوبر 2002م لتكون أحد أهم المشاريع التي تخلد ذكرى المغفور له بإذن الله تعالى صاحب السمو الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة طيب الله ثراه أمير البلاد الراحل . وتم تصميمها كمكتبة حديثة ومتكاملة الأقسام لتكون مركزاً علمياً كبيراً وصرحاً شامخاً ومعلماً حضارياً من معالم المملكة  ، وستكون أضخم مكتبة وطنية فــي الممــلكة تخــدم وترفد الباحثين والقــراء، وتتميز بسعتها وبهندستها الرائعة ، وتضم أربع قاعات للمطالعة وقاعة كبرى للمؤتمرات ومكتبة أطفال ومكتبة إلكترونية ومكتبة موسيقية إضافة إلى صالات متعددة الأغراض ومتحف إسلامي وتبلغ الطاقة الاستيعابية لمكتبة الشيخ عيسى الوطنية 250 ألف إصدار موزعة ما بين مراجع وموسوعات وكتب .

بانقضاء عام 2007م يكون قد مرّ على هذا المشروع الحيوي الهام خمس سنوات دون أن تفتح هذه المكتبة الحضارية أبوابها للجمهور بالرغم من عدة تصريحات صحفية منشورة تؤكد افتتاحها ؛ ففي خبر صحفي منشور بتاريخ 13 أكتوبر 2004م حمل عنوان ” مكتبة الشيخ عيسى تنتهي في فبراير القادم ” جاء في نهايته أنه من المؤمل أن يتم الانتهاء من مشروع مكتبة الشيخ عيسى الوطنية في نهاية شهر فبراير من العام المقبل ، أي عام 2005م . ثم جاء في خبر صحفي آخر بتاريخ 23 مايو 2005م أنه من المقرر أن يتم الانتهاء من مشروع  مكتبة الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة خلال الأشهر الثلاثة الأولى من العام المقبل 2006م . ثم جاء في خبر صحفي آخر بعنوان ” مكتبة المنامة العامة تعلق خدمة الإعارة تمهيدا لنقل محتوياتها لمكتبة الشيخ عيسى بن سلمان ”  حيث ورد فيه ما يلي : ” أعلنت إدارة المكتبات العامة بوزارة التربية والتعليم عن غلق مكتبة المنامة العامة أبوابها تجاه خدمة الإعارة الخارجية والداخلية، وذلك للقيام بعملية جرد وحصر مقتنياتها من الكتب والمطبوعات والأشرطة ومطبوعات الإيداع تمهيدا لنقلها إلى مكتبة الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة، وستقتصر خدمات المكتبة على قراءة الصحف والمجلات فقط، خلال عملية الجرد والحصر التي تستغرق 20 يوما ، يذكر أن مكتبة الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة ستفتتح في العام الجديد 2007″ ومع ذلك هاهو عام 2007م قد طوى صفحاته وودعنا دون أن تُفتتح هذه المكتبة !!